El Consejo Rector es la máxima autoridad del SBD está integrada por: El Ministro(a) de Economía, Industria y Comercio (MEIC), el Ministro(a) de Agricultura y Ganadería (MAG), un representante del sector industrial y de servicios designado por la Cámara de Industrias de Costa Rica, un representante del sector agropecuario designado por la Cámara Nacional de Agricultura y Agroindustria y un miembro independiente, nombrado por el Colegio de Profesionales en Ciencias Económicas de Costa Rica.