El Consejo Rector es la máxima autoridad del SBD integrada por: el Ministro(a) de Economía, Industria y Comercio (MEIC); el Ministro(a) de Agricultura y Ganadería (MAG); el Presidente(a) Ejecutivo(a) del Instituto Costarricense de Turismo (ICT); un representante del sector industrial y de servicios designado por la Cámara de Industrias de Costa Rica; un representante del sector agropecuario designado por la Cámara Nacional de Agricultura y Agroindustria; un representante del sector turismo designado por la Cámara Nacional de Turismo, y un miembro independiente nombrado por el Consejo de Gobierno mediante terna remitida por el Colegio de Profesionales en Ciencias Económicas de Costa Rica.